何より大きな弱点と言えば、NISA口座は一人につき一口座しか持てず、口座の移動も出来ないということです。>>>投資のことならNISAナビ
口座の移動とは、つまり、A銀行で口座開設した後で、投資仲間や本などから有益な情報を得てB銀行で口座開設した方がよさそうだと思っても、A銀行で口座開設をしてから5年経たないと他の金融機関で口座を作ることが出来ないのです。
しかしすでに金融庁に改善の動きが出ています。すでに改善要請を提出している状態なので、金融機関間の口座移動が自由になる可能性は十分あります。
ただ勘違いしてはいけないのは、これでNISA口座を複数持てるようになるというわけではないのです。A銀行からB銀行へ移動するのであれば、A銀行にある投資資産を全て現金化し、A銀行のNISA口座は空にした状態でないとB銀行に口座を移すことは出来ません。

次に、NISAの非課税期間5年間で、一度売りに出したものを買い直しても非課税の対象にはならないということです。

最後に、NISA口座は、他の口座と通算させることは不可となっています。
普通の投資ならA口座で損10万円を出してもB口座で利益20万を出していれば、AとBを合わせて利益10万とすることが出来ますが、NISA口座ではこれは出来ないということです。

現段階では上記のような弱点・デメリットがありますが、とはいってもこれから始まる新制度なので、まだまだ今後改善されていくようです。（現に、口座移動の件は改善に向かっています）。各自での情報チェックが必要になりますが、それを差し引いてもNISAが金融界大注目の新制度であることには変わりはありません。各金融機関のキャンペーンなどもどんどん熱くなっていくこと必至ですし、今後もチェックしていきましょう。